das selbe Problem habe ich auch und auch noch keine Lösung.
http://www.digiextractor.de/ 
Damit hast du dann einen "echten" TS-Container. Den kannst du dann mit beliebiger TV-Schnittsoftware schneiden. Wenn du bereit bist Geld auszugeben, kann ich dir Video Redo TVSuite 4 H.264 (was für ein Name

) empfehlen. Damit kannst du SD, als auch HD Framegenau schneiden und in verschiedenen "Container" packen (dauert pro Film ~10min). Bis dahin hast du auch noch kein Qualitätsverlust, da der original Bild- und Audiostrom erhalten bleibt.
Das von VideoRedo erzeugte File kannst du dann natürlich noch durch einen Videoconverter deiner Wahl (auch audials, auch wenn es als reiner Konverter nicht unbedingt geeignet ist) jagen und so komprimieren. Ob sich das lohnt/notwendig ist hängt vom gewünschten "Ziel" ab.
(kannst natürlich auch die vom digiextracotr oder jeder anderen Schnittsoftware erzeugten TS-Datei konvertieren)